Impulsado por su pasado, James Sunderland quiere volver a Silent Hill para encontrar a Mary Crane, el amor que perdió unos años antes. Sin embargo, el pueblo se ha convertido en un reflejo oscuro y distorsionado de lo que él se acordaba.

En el pueblo se cruza con figuras turbias que parece que lo conocen demasiado bien y que lo desvían de su objetivo. Mientras va avanzando eme su misión, su percepción va variando y empieza a dudar si sigue en el mundo real o si ha quedado atrapado bajo los dominios de Jacob Crane.